Badania ekspresji genów
- Analiza i optymalizacja ekspresji genów
- Kompleksowa analiza transkryptomu komórek oparta na mikromacierzach wysokiej gęstości wraz z bioinformatyczną analizą wyników
- Analiza ekspresji wybranych genów, miRNA za pomocą qRT-PCR
- Monitorowanie ekspresji genów w czasie rzeczywistym, RT-PCR
Badania DNA, RNA
- Izolacja DNA, RNA, miRNA i białek z różnego typu materiałów biologicznych
- Analiza i modyfikacja DNA
- Przeprowadzenie reakcji PCR wraz z projektowaniem starterów
- Ocena jakości DNA, RNA i białek na bioanalizatorze
- Analiza metylacji DNA za pomocą analizy HRM
- Identyfikacja mikrobiologiczna (metody tradycyjne i molekularne)
Inżynieria genetyczna
- Klonowanie molekularne i konstrukcja bakteryjnych wektorów ekspresyjnych
- Tworzenie i skrining bibliotek mutantów
Elektroforeza
- W żelu agarozowym i poliakrylamidowym (rozdział białek i kwasów nukleinowych)
- Dwukierunkowa (2-DE) białek
- Chipowa (Rozdział białek i kwasów nukleinowych)
- Różnicowa dwukierunkowa (2D DIGE)
- SDS-PAGE
- Wysokorozdzielcza elektroforeza DNA w zakresie 50 – 700 pz (rozdzielczość 1-4 nt)
- Elektroforeza kapilarna
Proteomika
- Ukierunkowana mutageneza białek
- Pozażelowe frakcjonowanie białek i kwasów nukleinowych
- Fluorymetryczna analiza ilościowa białek i kwasów nukleinowych
- Ekspresja rekombinowanych białek i jej optymalizacja (RT-PCR, Western Blot)
- Wykrywanie określonych białek metodami Western Blot, ELISA
- Immunodetekcja/chemiluminescencja białek
- Identyfikacja białek trawionych enzymem proteolitycznym (MALDI, MALDI+nanoHPLC)
- Analiza lizatów białkowych (typu Shotgun Proteomics)
- Pomiar masy białka, peptydu lub białka trawionego enzymatycznie (MALDI-TOF/TOF lub ESI‑MS/MS)
Sekwencjonowanie
- Małych genomów (bakterie, drożdże, plazmidy BAC)
- Dużych genomów (ludzie, rośliny, zwierzęta)
- Egzomu
- Rejonów DNA związanych z czynnikami regulacji
- Małych RNA
- RNAseq (profile ekspresji genów i sekwencjonowanie całego transkryptomu)
- Celowane sekwencjonowanie transkryptów
- Resekwencjonowanie celowane
- Metylacja DNA / sekwencjonowanie całego genomu po reakcji z wodorosiarczynem (WGBS)
- Identyfikacja SNP i wariantów strukturalnych metodą NGS
Genotypowanie
- Przez sekwencjonowanie (RAD-seq)
- SNPs za pomocą spektrometrii masowej typu MALDI-TOF oraz real-time PCR
Symulacje molekularne
- Optymalizacja struktury przestrzennej białek, lipidów i węglowodanów
- Wpływ rozpuszczalnika, jonów, rodników i zewnętrznego pola elektromagnetycznego na kształt cząsteczek
- Badanie energii oddziaływań cząsteczek oraz dynamiki układów
- Określenie wpływu grup funkcyjnych i ligandów na strukturę i właściwości cząsteczki
- Badanie zmian konformacyjnych cząsteczek
Metagenomika
Metagenomika i badanie mikrobiomu (analiza 16s/ITS lub WGS)
